農業(yè)生產(chǎn)是一個開放的系統(tǒng)。根據(jù)來源不同，影響農產(chǎn)品質量安全的危害因素主要包括農業(yè)種養(yǎng)過程可能產(chǎn)生的危害、農產(chǎn)品保鮮包裝貯運過程可能產(chǎn)生的危害、農產(chǎn)品自身的生長發(fā)育過程中產(chǎn)生的危害、農業(yè)生產(chǎn)中新技術應用帶來的潛在危害4 個方面。
（1）農業(yè)種養(yǎng)過程可能產(chǎn)生的危害。包括因投入品不合理使用或非法使用造成的農藥、獸藥、硝酸鹽、生長調節(jié)劑、添加劑等有毒有害殘留物，產(chǎn)地環(huán)境帶來的鉛、鎘、汞、砷等重金屬元素，石油烴、多環(huán)芳烴、氟化物等有機污染物，以及六六六、滴滴涕等持久性有機污染物。
（2）農產(chǎn)品保鮮包裝貯運過程可能產(chǎn)生的危害。包括貯存過程中不合理或非法使用的保鮮劑、催熟劑和包裝運輸材料中有害化學物等產(chǎn)生的污染。
（3）農產(chǎn)品自身的生長發(fā)育過程中產(chǎn)生的危害，如黃曲霉毒素、沙門氏菌、禽流感病毒等。
（4）農業(yè)生產(chǎn)中新技術應用帶來的潛在危害。如外來物種侵入、非法轉基因品種等。